安徽臭鳜鱼的来历要追溯到200多年前了，那时每年入冬以后，沿江一带的鱼贩就把鳜鱼用木桶装起来，贩运到徽州山区。为了防止鳜鱼在运输途中变质，鱼贩们就用一层鱼撒一层盐，途中还要经常翻动鳜鱼，大约要过七八天才能抵达。
    等鱼贩把鳜鱼运到徽州山区时，鳜鱼的鱼鳃仍然是鲜红色，而且鳞不脱质不变，就是会散发出一种似臭非臭的特殊气味。人们把这种鳜鱼洗净后做成菜，结果发现不但没有臭味，反而比新鲜的鳜鱼更加鲜香好吃。于是这种做法就慢慢流传下来，直到现在依然是盛誉不衰。
    安徽臭鳜鱼真正成为一道名菜大约是在100年前，这与一段历史典故有关。
    话说100年前在黄山西南麓的黄山区郭村乡有家扁担铺，话说某年某月有一姓苗的酷吏调到徽州当知府，此人嗜鱼成性且专爱吃鲜鱼，尤其是喜欢吃活蹦乱跳的鲜鳜鱼。
    当时有一个名叫王小二的衙役，每当天气转凉时就负责给知府运送鳜鱼，结果有一次运到半路上天气突然热了起来，原本鲜活的鳜鱼开始慢慢死去。王小二只好催着挑夫们日夜兼程的赶路，这天就来到了扁担铺准备住下来歇歇，此时发现大多数鳜鱼都死掉了，而且鱼身散发出一种臭味。
    王小二急忙让挑夫把鱼杀好，然后用细细抹匀腌上杀杀臭味，并找了一个厨师让他烧来尝一尝。等厨师用佐料做好红烧鳜鱼后，大家吃了都说别有一番风味。王小二于是心中大喜，让挑夫们尽快把发臭的鳜鱼挑到徽州。
    发臭的鳜鱼运到徽州后，王小二并没有去向知府复命，而是请来许多厨师烧制这些发臭的鳜鱼，并写了一条“徽菜珍品风味鳜鱼应市，本店免费品尝”的横幅吸收顾客。结果，凡是吃过这种“风味鳜鱼”的客人无不称赞。
    此时，王小二才放心的把做好的“风味鳜鱼”送到了知府面前，苗知府好长一段时间没有吃到鳜鱼，早就被鳜鱼馋坏了，顾不上多问就吃了起来，边吃边称赞说“风味鳜鱼，名不虚传！”从此，苗知府再也不提非要吃鲜活鳜鱼的事情了，臭鳜鱼也从此成为声名远扬的徽州名菜。